Terbentuknya Fakultas Syariah tidak terlepas dari sejarah perjalanan kampus UIN Datokarama Palu dari masa ke masa. Nama "Datokarama" berasal dari seorang tokoh pendakwah Islam Kesultanan Padang Pariaman,  yang bernama Abdullah Raqi. Selama keberadaannya di lembah Palu (1603-1650 M) beliau berhasil mengislamkan raja-raja yang ada di lembah Palu. Datokarama yang bermakna orang yang memiliki karamah/kemuliaan adalah gelar yang diberikan oleh tokoh-tokoh masyarakat lembah Palu kepada beliau, berkat jasa dan kealimannya.  

Fakultas Syariah lahir di fase peralihan status IAIN Alauddin cabang Palu menjadi STAIN Datokarama Palu. Sejak berdirinya STAIN Datokarama Palu pada tahun 1997 berdasarkan Keputusan Presiden No.11 Tahun 1997 Tentang Pembentukan STAIN, Syariah menjadi salah satu jurusan yang dibentuk dari jurusan lainnya yaitu Jurusan Ushuluddin, Jurusan Tarbiyah, dan Jurusan Dakwah.

Ketika IAIN Alauddin cabang Palu beralih status menjadi STAIN Datokarama Palu, maka kepemimpinan pertama kampus tersebut diketuai oleh Prof. Dr. H.M. Noor Sulaiman, PL, kemudian dilanjutkan oleh Alm. Drs. H.M. Arsyad Ba’asyien, M.H sebagai Ketua STAIN yang kedua. Lalu pada periode berikutnya Drs. H. Sudirman Rais, M.Pd diserahi amanah untuk melanjutkan cita-cita dan perjuangan STAIN Datokarama Palu ke arah yang lebih maju. Pada tahun 2010, estafet kepemimpinan dilanjutkan oleh Prof. Dr. H. Zainal Abidin, M.Ag sebagai Ketua STAIN yang keempat. Pada masa inilah, tepatnya bulan Desember 2013 STAIN Datokarama Palu berhasil melakukan lompatan besar menjadi IAIN Palu berdasarkan Peraturan Presiden No.51 Tahun 2013 dan Prof. Dr. H. Zainal Abidin, M.Ag ditetapkan sebagai Rektor pertama. 

Sebagai konsekuensi logis dari alih status tersebut, Jurusan Syariah di bawah naungan STAIN Datokarama Palu berubah menjadi Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam (FASEI) IAIN Palu. Fakultas ketika itu memiliki 4 program studi masing-masing adalah Hukum Keluarga /Akhwal Syakhsyiah (HK), Perbandingan Mazhab (PM), Hukum Ekonomi Syariah/Muamalah (HES), dan Ekonomi Syariah (ESY). Hingga tahun 2017, Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam (FASEI) telah membuka 2 program studi baru yakni Program Studi Perbankan Syariah (PSY) dan Program Studi Hukum Tatanegara Islam (HTNI). Dengan demikian, Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam secara total telah mewadahi 6 program studi sebagai tersebut di atas. 

Pada tahun 2019, Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam resmi dimekarkan menjadi 2 Fakultas yakni Fakultas Syariah (FASYA) dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) sesuai Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 27 Tahun 2018 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 92 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Palu. Pada tahun 2021, IAIN Palu beralih menjadi UIN Datokarama Palu melalui Peraturan Presiden Nomor 61 Tahun 2021 yang juga berdampak pada tata kelola dan transformasi Fakultas Syariah.

Adapun pimpinan Fakultas Syariah UIN Datokarama Palu dari Masa ke Masa sebagai berikut: